եկեղեցիներ Դվինում, Խոր վիրապում, Տայքում և այլուր։ Բացվել են դպրոցներ, որոնց մեջ եզակի է գիտնական Անանիա Շիրակացու դպրոցը։ VIII դ․ կաթողիկոս Հովհաննես Գ Օձնեցին առաջին անգամ հայ իրականության մեջ կազմել է հայ եկեղեցաիրավական նորմերը կանոնավորող ժող․՝ «Կանոնագիրք Հայոց»։ Հայաստանի մի շարք գավառներում մեծ տարածում են ստացել աղանդավոր․ շարժումները (Պավլիկյան շարժում, Թոնդրակյան շարժում), որոնց դեմ անողոք պայքար է մղել հայ եկեղեցին։
IX դ․ վերջին, Բագրատունիների գլխավորությամբ հայ ժողովուրդը թոթափել է երկու դարից ավելի տևած արաբ․ լուծը և վերականգնել պետ․ անկախությունը։ Բագրատունիների մայրաքաղաք հռչակված Անիում հաստատվել է նաև Հայոց կաթողիկոսության աթոռանիստը (992_1065)։ Այս շրջանում հայ եկեղեցին բարգավաճել է, հիմնվել են դպրոցներ, մատենադարաններ, վանքերին կից գրչության կենտրոններ, կառուցվել բազմաթիվ եկեղեցիներ, որոնցով հատկապես հռչակվել է Անին։
Բագրատունիների թագավորության անկումից (1045) հետո Հայաստանն ընկել է սելջուկների տիրապետության տակ։ Հ․ա․ե․ զրկվել է իր մշտական աթոռավայրից։ Հալածված Հայոց կաթողիկոսները շրջել են երկրով մեկ, հաճախ ապաստանել Կիլիկիայում։ Նման պայմաններում ի հայտ են եկել հակաթոռ կաթողիկոսություններ (Կիլիկիայում, Աղթամարում)։ Աղթամարի կաթողիկոսությունը հայոց ամենաերկարակյաց հակաթոռ կաթողիկոսնությունն էր (1113_1895)։
XI դ․ վերջից հայ քաղ․ կյանքի կենտրոնը Կիլիկիա տեղափոխվելուն զուգընթաց հայ եկեղեց․ կյանքը բուն Հայաստանից բացի զարգացել է նաև Կիլիկիայում։ Կիլիկիայի Հայկ․ թագավորության շրջանում (XII_XIV դդ․) Հռոմի կաթոլիկ եկեղեցին փորձել է իր ազդեցության տակ գցել հայ եկեղեցին՝ քաղ․ խոստումներով ձգտելով հասնել երկու եկեղեցիների միությանը (տես Ունիթորություն)։ Սակայն այդ դժվարին պայքարում Հ․ա․ե․ կարողացել է անաղարտ պահել իր դավանությունը։ Այդ շրջանում կառուցվել են բազմաթիվ եկեղեցիներ ու վանքեր, վանքերին կից բացվել դպրոցներ, վարդապետարաններ, համալսարաններ (Գլաձորում, Տաթևում, Հերմոնում, Որոտնավանքում, Հաղպատում, Սանահինում, Հռոմկլայում, Սսում և այլուր), ստեղծվել են գրակ-յան և արվեստի արժեքավոր գործեր, գրվել պատմ․, փիլ․, աստվածաբան․, բնագիտ․, իրավագիտ․ բնույթի բազմաթիվ երկեր, ընդօրինակվել ձեռագրեր ևն։
Կիլիկիայում հայկ․ պետականության առկայության պայմաններում Հայոց կաթողիկոսությունը կարողացել է կատարել հոգևոր-եկեղեց․ բարձրագույն իշխանության իր դերը։ Սակայն Կիլիկիայի Հայկ․ թագավորության անկումից (1375) հետո Սսի հայոց կաթողիկոսությունը կորցրել է քաղ․ հենարանը, իսկ Կիլիկիայում հայ բնակչության հետզհետե նոսրացման պատճառներով՝ քայքայվել նաև տնտեսապես։ Նման քաղ․ ու տնտ․ անբարենպաստ պայմաններում XIV դ․ վերջին _ XV դ․ սկզբին հասունացել է Մայր աթոռը վերստին Վաղարշապատում հաստատելու գաղափարը։ 1441-ի Վաղարշապատի ազգ-եկեղեց․ ժողովի որոշմամբ Մայր աթոռը վերահաստատվել է Էջմիածնում։ Դա պատմաքաղ․ կարևոր ու շրջադարձային իրադարձություն էր հայ ժողովրդի ազգ․ և եկեղեց․ կյանքում։ Էջմիածինը կրկին դարձել է համայն հայության հոգևոր-կրոն․ կենտրոնը, որպիսին է մնում առ այսօր։ Այստեղ Հ․ա․ե․ կարողացավ դիմակայել բոլոր փորձություններին, իսկ Մայր աթոռ Ս․ Էջմիածինը դարձավ պետականությունից զրկված, աշխարհով մեկ սփռված հայ ժողովրդի ոչ միայն հոգևոր, այլև՝ ազգ-քաղ․ կենտրոնը։ XV_ XVI դդ․ Հ․ա․ե․ չափազանց ծանր ժամանակաշրջան է ապրել, և այդ կացությունը, փոքր բացառություններով, շարունակվել է մինչև XVII դ․՝ Մովսես Գ Տաթևացու (1629_32) գահակալությունը։ Նրա և հաջորդ կաթողիկոսների՝ Փիլիպոս Ա Աղբակեցու (1632_55), Հակոբ Դ Ջուղայեցու (1655_80) ջանքերով վերականգնվել է Մայր աթոռի նյութ․ վիճակը, վանական-միաբանական կյանքը, հնարավորություն ստեղծվել ազգ-եկեղեց․, մշակութ․ ու կրթ․ արդյունավետ գործունեության համար։ Կարգավորվել են հարաբերությունները Սսի կաթողիկոսության, Երուսաղեմի և Կ․Պոլսի հայոց պատրիարքությունների հետ։ Հիմնվել են դպրոցներ Սյունիքում, Էջմիածնում, Վանա լճի Աղթամար, Լիմ և Կտուց կղզիներում, Բաղեշի Ամրդոլու վանքում, Նոր Ջուղայում և այլուր։ XVII_XVIII դդ․ Հ․ա․ե․ եռանդուն մասնակցել է պարսկ․ տիրապետությունից Հայաստանն ազատագրելու ծրագրերին, այդ ուղղությամբ կազմակերպել, ղեկավարել ու հովանավորել ազգ-հաս․, քաղ․ բազմաթիվ ձեռնարկումներ (տես Էջմիածնի ժողովներ 1547, 1677)։
1828-ին Արլ․ Հայաստանին տիրացած Ռուսաստանն իր քաղ․ ծրագրերում մեծ կարևորություն է տվել եկեղեց․ խնդրին և Հ․ա․ե-ուն։ Ցար․ իշխանությունը փորձել է նվազեցնել հայ եկեղեցու ավանդ․ իրավասությունների շրջանակը և քաղ․ դերը երկրի ներսում, միաժամանակ ձգտելով օգտագործել Հայոց կաթողիկոսության հեղինակությունը՝ Ռուսաստանի տարածքից դուրս բնակվող հայության վրա իր ազդեցությունը տարածելու համար։ Ռուս․ կառավարությունը 1836-ին հատուկ կանոնադրությամբ՝ «Պոլոժենիե□-ով կանոնակարգել է կայսրության և հայ եկեղեցու հարաբերությունները, միաժամանակ հնարավորություն ստացել ազդելու Մայր աթոռի վրա։ Ստեղծվել է նաև լայն լիազորություններ ունեցող
