հոգևոր խորհուրդ՝ Սինոդ։ Միաժամանակ «Պոլոժենիեն» հռչակել է հայ եկեղեցու դավան․ ազատությունը, նրան տվել կրթամշակութ․ և այլ իրավունքներ։ Այն ուժը կորցրել է 1917-ին՝ ցարիզմի անկումից հետո։ Ամենայն հայոց կաթողիկոս Ներսես Ե Աշտարակեցու գործունեությամբ սկիզբ առած Հ․ա․ե-ու հոգևոր-մշակութ․ վերելքը շարունակվել է ողջ XIX դ․ ընթացքում։ Էջմիածնում բացվել է Գևորգյան ճեմարանը (1874), թանգարանը, 1868-ից լույս տեսել Մայր աթոռի «Արարատ» պաշտոն․ ամսագիրը, 1879-ին կառուցվել Օշականի Ս․ Մեսրոպ Մաշտոց եկեղեցին, ստեղծվել են գիտամշակութ․, ուսումնակրթ․ բազմաթիվ կենտրոններ ու հաստատություններ Հայաստանում և հայ գաղթավայրերում։ Հայ եկեղեցին եռանդուն աջակցել է XIX դ․ վերջի _ XX դ․ սկզբի հայ ազգ-ազատագր․ շարժումներին, Հայկական հարցի լուծման քաղ․ ձեռնարկումներին։ Մկրտիչ Խրիմյանը (1892_1907-ին՝ Ամենայն հայոց կաթողիկոս Մկրտիչ Ա Վանեցի) որպես հայոց ազգ․ պատվիրակության ղեկավար այցելել է Արմ․ Եվրոպա՝ փորձելով ապահովել եվրոպ․ պետությունների դիվանագիտ․ աջակցությունը Հայկ․ հարցի լուծմանը, մասնակցել է 1878-ի Բեռլինի կոնգրեսին։ Եռանդուն պայքար է մղել ցար․ կառավարության՝ 1903-ի հունիսի 12-ի եկեղեցական գույքի բռնագրավման օրենքի իրագործման դեմ՝ արգելելով եկեղեց․ թեմերին ենթարկվել այդ օրենքին։
1915-ի Մեծ եղեռնի ժամանակ ցեղասպանության զոհ է դարձել շուրջ 4 հզ․ հայ հոգևորական։ Հայ եկեղեցին ևս օգնել է բազմահազար աղետյալների։ 1918-ի մայիսին Սարդարապատի ճակատամարտի բախտորոշ օրերին, Գևորգ Ե Տփղիսեցի կաթողիկոսը չլքեց Ս․Էջմիածինը, իսկ Մայրավանքի միաբան Գարեգին վարդապետ Հովսեփյանը հայ մարտիկներին քաջալերել է ռազմաճակատի առաջին գծում։ Գևորգ Ե կաթողիկոսը 1918-ին ողջունել է Հայաստանի առաջին հանրապետության ծնունդը։
1920-ի վերջին Հայաստանում խորհրդ․ կարգերի հաստատումով ծանր պայմաններ են ստեղծվել Հ․ա․ե-ու համար։ Համայնավար վարչակարգը, անաստվածությունը (աթեիզմ) պաշտոնապես հռչակելով իր գաղափարախոսության ուղենիշ, հալածանք է սկսել եկեղեցու և կրոնի դեմ, հաշվեհարդար է տեսել հոգևորականների հետ, փակել, ավերել հարյուրավոր եկեղեցիներ, բռնագրավել եկեղեց․ կալվածքներն ու ունեցվածքի մեծ մասը։ 1938-ի ապրիլին հատուկ ծառայության գործակալները Վեհարանում սպանել են Ամենայն հայոց կաթողիկոս Խորեն Ա Մուրադբեգյանին։
Երկրորդ համաշխ․ պատերազմի տարիներին ժողովրդի հայրենասիր․ ոգին «բարձրացնելու» նպատակով, որոշ չափով «մեղմվել է» խորհրդ․ վարչակարգի վերաբերմունքը եկեղեցու, այդ թվում՝ և հայ եկեղեցու նկատմամբ։ Մասնակի վերականգնվել են եկեղեցու իրավունքները․ 1944-ից թույլատրվել է կաթողիկոսական ընտրության անցկացումը, «Էջմիածին» ամսագրի հրատ-ը, տպարանի վերականգնումը, հոգևոր ճեմարանի վերաբացումը։ 1943-ին ստեղծվել է հայ եկեղեցու գործերի խորհուրդ (տես Հայաստանի Հանրապետության կրոնի գործերի պետական խորհուրդ)։ Գևորգ Զ Չորեքչյանի (1945_54)՝ Ամենայն հայոց կաթողիկոս ընտրվելով սկսվել է Մայր աթոռի վերազարթոնքը։ Հ․ա․ե․ հանգանակություն է արել «Սասունցի Դավիթ» տանկային շարասյան ստեղծման համար։ Հայ եկեղեցին միակ կառույցն է հայ իրականության մեջ, որն անընդմեջ գոյատևել է իր հիմնման օրից։
Վազգեն Ա Պալճյան Ամենայն հայոց կաթողիկոսի երկարատև աթոռակալությունը (1955_94) Հ․ա․ե-ու համար եղել է բարգավաճ ժամանակաշրջան․ անհամեմատ ընդարձակվել են հայ եկեղեցու միջեկեղեց․ հարաբերություններն ու միջազգ․ կապերը, հայ եկեղեցին և քրիստոնյա քույր եկեղեցիները դարձել են եկեղեցիների համաշխ․ խորհրդի անդամ, խորացել են հայրենիք_սփյուռք փոխհարաբերությունները։ Վազգեն Ա կաթողիկոսն է օրհնել հայոց նորանկախ պետականության ծնունդը (1991-ի սեպտ․ 21)։
1995-ի ապրիլի 4-ին Ս․ Էջմիածնում գումարված ազգ-եկեղեց․ ժողովը Գրիգոր Լուսավորչի Աթոռի 131-րդ գահակալ է ընտրել Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոս Գարեգին Բ-ին, այդուհետ՝ Գարեգին Ա Սարգսյան Ամենայն հայոց կաթողիկոս։ Գարեգին Ա-ի առաջին ձեռնարկումներից էր Հ․ա․ե-ու՝ Հայաստանի թեմական կառուցվածքի վերափոխումը․ նախկին 4 թեմերի փոխարեն 1996-ի մայիսին ստեղծվել են 8 թեմեր, թեմական խորհուրդներ, հիմնվել են առաջնորդարաններ, վերաբացվել կամ կառուցվել նոր եկեղեցիներ։ Աշխուժացել է հոգևոր և կրթամշակութ․ կյանքը․ Մայր աթոռում բացվել է «Քրիստոնեական քարոզչության և դաստիարակության» կենտրոն, բարելավվել են հոգևոր ճեմարանի ուս․ պայմանները (ու
