և ապա` 1869 թ. մայիսից իբրև «Արարատ» ամսագրի խմբագիր: Տպագրվել է նույն ամսագրի 1869 թ. № 1, մայիս, էջ 22-24, № 2» հունիս, էջ 44-48, № 5, սեպտեմբեր, էջ 118-128 և № 6, հոկտեմբեր-նոյեմբեր , էջ 160-177։ Այնուհետև՝ «Աղայանը մանկավարժ», 1941 թ., էջ 1-48, «Երկեր», հ. 4, 1950 թ., էջ 9-68, «Հայ մանկավարժներ», հ. 1, 1958, էջ 349-3971 Ինքնագիրք չի պահպանվել։ «Խորհրդածությունը…» այն ժամանակ դեռ երիտասարդ Աղայանի մտքի բարձր հասունության հայտարարն է և իր բազմակողմանի արժեքով ու նշանակությամբ 19-րդ դարի ոչ միայն հայ մանկավարժական, այլև փիլիսոփայական մտքի պատմության ամենափայլուն էջերից մեկն է։
Հոդվածր էջմիածնի կղերական գրաքննությանը ենթարկել է աղճատումների։ Այդ մասին Աղայանը պատմում է. «Խորհրդածություններիս մեջ այն միտքն էի ուզում տարածել, ինչ որ պահանջում էր նորագույն մանկավարժությունը, թե՝ մարդուս բարոյական, մտավոր և ֆիզիկական կողմերի զարգացման մեջ պետք է ներդաշնակություն լինի…»։ Իր ժամանակի «նորագույն մանկավարժության» (ըստ որում և հոգեբանական գիտության) նախամարքսյան ամենաառաջավոր գաղափարների արտահայտիչը լինելով՝ երիտասարդ Աղայանը կաշկանդված է եղել իր այս նշանակալից աշխատությունը գրելիս։ Երբ մանավանդ «կարգը հասավ հոգուն»՝ այսինքն հոգեկան-բարոյական դաստիարակության ու նրա գիտական-հոգերանական հիմունքների շարադրմանը՝ Աղայանը երկընտրանքի առաջ է կանգնած եղել մտահոգված լինելով, որ իր հոդվածի տպագրությունը չհանդիպի կրոնական գրաքննության արգելքին։ «Ինչպե՞ս գրեի, որ ոչ հոգեբանության հակառակ լինի և ոչ աստվածաբանության»— գրում է Աղայանը և ապա նկարագրում է այն փորձությունը, որին ենթարկվում է աշխատության՝ մասնավորապես «Հոգի» վերնագրով գլուխը։ Թեև Աղայանն էր «Արարատ»֊ի խմբագիրը, բայց ամսագրի նյութերը տպագրվում էին միայն կաթողիկոսի «տպեսցի» մակագրությունն ունենալուց հետո։ Եվ ահա՝ «Երբ հոգու մասին գրած հոդվածս ուղարկեցի վեհափառին, որ վրան գրե՝ տպեսցի, նա այդ հոդվածը շատ խրթին էր գտել և հանձնել էր… Սարգիս եպիսկոպոս Հասան Ջալալյանի նախագահությամբ կազմված «մի ժողովի՝ քննությանը։ «Ինձ կանչեցին, որ կարդամ հոդվածը և պաշապանեմ»:
Թեև քննությանը մասնակցող եպիսկոպոսները (Աբել Մխիթարյան, Գրիգոր Մուշեղյան, Գրիգոր Սագինյան) համարվում էին «աստվածաբանությանը» հմուտ «գիտուններ», այնուամենայնիվ՝ նրանք չեն համարձակվում լրջորեն քննադատության ենթարկելու հոդվածը, որն ըստ էության ուղղված էր աստվածաբանության դեմ՝ մատերիալիզմի տարրեր պարունակող իր հիմհական գաղափարներով։ «Այնուամենայնիվ— գրում է Աղայանը՝ էլի շատ տեղեր ջնջել տվին, ասելով միայն, թե՝ երկդիմի է դուրս գալիս ասածդ և շատերը կարող են գայթակղվել։ Ես էլ ջնջում էի խաթրու համար՝ չարաչար պաշտպանելուց հետո, որով հոդվածս բավական կցկտուր դուրս եկավ»։ Ինչպես պատմում է Աղայանը՝ քննիչ եպիսկոպոսները հոդվածում տեսնում էին առավելապես՝ ֆրանսիացի մեծ լուսավորիչ փիլիսոփա, մանկավարժ ժան-ժակ Ռուսսոյի գաղափարների ազդեցությունդ Աղայանն այնուհետև նշում է, որ իր հոդվածն առանձնապես