վրաց Հեարակլ 2–րդ արքային՝ խզել իր կապերը Ռուսաստանի հետ և անվերապահորեն ենթարկվել Իրանին։ Նա հպատակություն էր պահանջում նաև Այսրկովկասի տարածքում եղած խանություններից։ Սակայն Հերակլ 2-րդ արքան, որն ապավինել էր Ռուսաստանի հովանավորութանը, մերժեց այդ պահանջը։ Աղա Մուհամադ խանը մերժում ստացավ նաև Ղարաբաղի Իբրահիմ խանից։
Աղա Մուհամմադ խանին առավել շատ անհանգստացնում էին ռուսական կողմնորոշում ունեցող Արցախի մելիքները։ Այդ էր պատճառը, որ նա խոստացավ մելիքներին հաստատել իրենց իշխանություններում և տապալել Իբրահիմ խանին, եթե նրանք ենթարկվեն պարսից շահին։ Սակայն Արցախի մելիքները վճռականությամբ մերժեցին սպառնալիքներով ուղեկցվող այդ պահանջը։ Դեռ ավելին, նրան դիմակայելու համար անգամ դաշնակցեցին Իբրահիմ խանի հետ։ Միայն շրջահայացություն ցուցաբերեց Ջրաբերդի մելիք Մեժլումը՝ միանալով Աղա Մուհամմադ խանին Իբրահիմ խանին տապալելու համար։ Արցախի անհնազանդ տերերին պատժելու նպատակով 1794թ. ամռանը Սուլեյման Շահզադեի զորքերը մտնում են Արցախ և խայտառակ պարտություն կրում376։
Արցախում կրած պարտությունը կատաղեցնում է Աղա Մուհամմադ խանին և նա դաժանությամբ պատժում է ողջ վերադարձած զորապետներին։
Եվ ահա, 1795թ. պարսկական 80000-անոց խառնիճաղանջ բանակը, անձամբ Աղա Մուհամմադ խանի գլխավորությամբ անցնում է Արաքս գետը, մտնում Արցախ և պաշարում Շուշի ամրոցը։ Աղա Մուհամմադ շահը չի կարողանում կոտրել Շուշիի պաշտպանների դիմադրությունը։ Արցախցի մի ծերունու պատմածի հիման վրա Վարդան Օձնեցին նկարագրում է, թե ինչպիսի խիզախություն են դրսևորել Շուշի ամրոցը պաշտպանելիս 60 հայ քաջորդիներ, որոնք ծածուկ դուրս գալով ամրոցից՝ հանկարծակի հարձակում են գործել թշնամու վրա, խուճապի մատնել և մեծ կորուստներ պատճառել նրանց377։
Քիչ նեղություն չէին կրում շահի զորքերը նաև այն 12 հազար հայ ընտանիքներից, որոնք ամրացել էին Շուշին շրջապատող կիրճերի մեջ և շարունակ թիկունքից հարվածում էին պաշարողներին378։ Շուշիի ամրոցի պարիսպների տակ կրած պարտության համար,