ենթարկվել են Երուսաղեմի հայոց պատրիարքության իրավասությանը։ Այդ հաստատագիրը նորոգվել է հետագա ժամանակներում։ Իրար հաջորդած բոլոր իշխանությունները (արաբների, խաչակիրների, մամլուքյան, օսմանյան, բրիտ., հորդանանյան, իսրայելական) վերահաստատել են հույների և լատինների հետ հայերի հավասարազոր իրավունքները Երուսաղեմի և ամբողջ Սուրբ երկրի քրիստ. սրբատեղիների նկատմամբ։
Երուսաղեմի հայոց պատրիարքության վիճակը ծանրացել է Եգիպտոսի Ֆաթիմյան արաբ․ հարստության տիրապետության շրջանում։ 969-ին գրավելով Երուսաղեմը՝ Ֆաթիմյանները 1 դարից ավելի կռիվներ են մղել սելջուկների դեմ, և քաղաքը ձեռքից ձեռք է անցել, մինչև 1099-ին այն գրավել են խաչակիրները։ Կիլիկիայի հայկական պետության շրջանում (XI-XIV դդ.) հայ իշխանների և թագավորների քաղաքական պաշտպանության ու նվիրատվությունների շնորհիվ Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունն ամրապնդել է իր իրավունքները սրբատեղիների նկատմամբ և բարձրացրել հեղինակությունը։
1187-ին Եգիպտոսի Սալահեդդին սուլթանը գրավել է Երուսաղեմը՝ վերջ տալով խաչակիրների իշխանությանը Սուրբ քաղաքում։ Սալահեդդինը ոչ միայն վերահաստատել է Երուսաղեմի հայոց պատրիարք Աբրահամի (1180-91) ներկայացրած քրիստ. սրբավայրերի նկատմամբ հայոց պատրիարքության իրավունքները, այլև դրանք տարածել է խաչակիրների մի քանի եկեղեցիների և վանքերի վրա։
Մինչև 1311-ը Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունը եղել է Կիլիկիայի հայոց թագավորների և Սսում նստող հայոց կաթողիկոսների իշխանության ներքո։ Չընդունելով Օշին թագավորի, Գրիգոր Է Անավարզեցի (1293-1307) և Կոստանդին Գ Կեսարացի (1307-22) կաթողիկոսների լատինամետ քաղաքականությունը և չենթարկվելով 1307-ի Սսի ժողովի որոշումներին՝ Երուսաղեմի հայոց պատրիարք Սարգիսը, Հայ եկեղեցու վարդապետությունն անաղարտ պահելու համար Եգիպտոսի սուլթանից հրովարտակ ձեռք բերելով, անջատել է իր աթոռը Կիլիկիայի քաղաքական և եկեղեց. իշխանությունից։ 1311-ին Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունը դարձել է անկախ, որը որոշ ուսումնասիրողների հիմք է տվել կարծելու, թե Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունը հիմնադրվել է այդ թվականին։
Օսմանյան. տիրապետության տարիներին Երուսաղեմի պատրիարքության գերիշխանությունը տարածվել է Սիրիայի, Լիբանանի, Կիպրոսի թեմերի և մինչև 1839-ը՝ Եգիպտոսի թեմի վրա։ 1664-ին Եղիազար Այնթապցին Երուսաղեմում հաստատել է Մայր աթոռ Սբ Էջմիածնին հակաթոռ կաթողիկոսություն, իրեն ենթարկել օսմանյան տերության տարածքում գործող եկեղեց. թեմերը։ Եղիազար Ա Այնթապցու՝ Ամենայն հայոց կաթողիկոս ընտրվելուց (1681) հետո Երուսաղեմի կաթողիկոսությունը վերացվել է (1682)։ 1702-ին Կ. Պոլսի հայոց պատրիարք Ավետիք Եվդոկացին զբաղեցրել է նաև Երուսաղեմի հայոց պատրիարքության աթոռը, և մինչև 1715-ը Երուսաղեմի պատրիարքությունը կառավարել են Կ. Պոլսից նշանակված փոխանորդները։ Պատրիարքությունն ընկել է պարտքերի տակ։ 1715-ին Կ. Պոլսի պատրիարք Հովհաննես Կոլոտ Բարիշեցին վերահաստատել է Երուսաղեմի ինքնուրույն պատրիարքությունը։ Գրիգոր Շղթայակիր պատրիարքը (1715-49) մարել է պարտքերը, ձեռնամուխ եղել շին. աշխատանքների։ 1833-ին Սբ Հակոբյանց վանքում հիմնադրվել է տպարան, լույս են տեսել Հովհաննես Ե Դրասխանակերտցու «Պատմութիւն Հայոց» (1843), Եսայի Հասան-Ջալալյանի «Պատմութիւն համառոտ Աղուանից երկրի» (1868) և այլ գրքեր։
XIX դ-ում Երուսաղեմում բացվել և հայոց պատրիարքարանի նյութ․ միջոցներով գոյատևել են տղաների՝ Մեսրոպյան, աղջիկների՝ Գայանյան վարժարանները։ 1843-ին Ռեմելում (Սբ Գևորգ վանքում) Զաքարիա Կոփեցի պատրիարքի ջանքերով բացվել է ժառանգավորաց վարժարանը (կրոն․ գիշերօթիկ ուսումնական հաստատություն), որը հաջորդ տարի փոխադրվել է Երուսաղեմ և ցայսօր գործում է պատրիարքարանի տնօրինության ներքո։ 1928-ին ականավոր բանասեր Եղիշե արք. Դուրյան պատրիարքի (1921-30) ջանքերով բացվել է Սրբոց Թարգմանչաց վարժարանը և նրա առաջարկով էլ անվանակոչվել ի հիշատակ Սբ Մեսրոպ Մաշտոցի և սբ Սահակ Ա Պարթևի։
Մինչև XIX դ. Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունն առավել կամ նվազ հաջողությամբ պայքարել է սրբատեղիների հանդեպ հույների և լատինների ոտնձգությունների դեմ։ Օսմանյան կայսրության թուլացմանը զուգընթաց փոխվել է քաղաքական կացությունը, և օտար տերությունները, միջամտելով կայսրության ներքին գործերին, Երուսաղեմի սրբավայրերի վրա իրավունքների հարցում պաշտպանել են հույներին ու կաթոլիկներին։ Հուն․ պատրիարքությանը զորակցել է Ռուսաստանը, իսկ լատիններին՝ Արևմուտքը, մասնավորապես՝ Ֆրանսիան։ Հույներին նույնիսկ կարճ ժամանակով հաջողվել է տիրանալ Սբ Հակոբյանց վանքին, սակայն Կ. Պոլսի հայ ամիրաների նյութ․ և քաղաքական օգնության շնորհիվ հայերը վերստին ձեռք են բերել Սբ Հակոբյանց վանքը։ Հակառակ դժվարությունների և անհավասար պայքարի՝ Երուսաղեմի պատրիարքությունը կարողացել է պաշտպանել հայոց իրավունքները Հույն և Լատին մեծ եկեղեցիների և նրանց պաշտպան տերությունների ոտնձգություններից։
1916-ին երիտթուրք. կառավարությունը Թուրքիայի հայ առաքելականների համար հաստատել է կաթողիկոս-պատրիարքություն՝ Երուսաղեմ նստավայրով։ Կաթողիկոս-պատրիարքի պաշտոնը հանձնվել է Կիլիկիո աթոռի կաթողիկոս Սահակ Խապայանին։ Առաջին համաշխ. պատերազմում (1914-18) Թուրքիայի պարտությունից հետո Կիլիկիո կաթողիկոսությունը և Կ. Պոլսի ու Երուսաղեմի պատրիարքությունները շարունակել են իրենց գոյությունը։
Երուսաղեմի համաքրիստ. 3 գլխավոր սրբատեղիների 3 ավագ պահապանները (Հայ, Հույն, Լատին եկեղեցիները)
