Երբ 1828 թ Արևելյան Հայաստանը միացավ Ռուսաստանին, նորից սկսվեց ձեռագրերի հավաքումն ու ցուցակագրումը, իսկ փոքր ինչ ուշ՝ նաև ուսումնասիրումը: 1828 թ. Մատենադարանում մնացել էր միայն 1809 միավոր ձեռագիր, մինչդեռ դրանից հետո անցած գրեթե մեկ հարյուրամյակի ընթացքում հավաքված մատյանների թիվն արագ աճեց և 1914 թ. արդեն կազմեց 4660 միավոր: 1920 թ. Հայաստանում սովետական կարգերի հաստատումից հետո հայ մշակույթի հոգևոր արժեքների պահպանությունը դարձավ պետության մշտական հոգատարության առարկան: Ձեռագրերն ավելի կազմակերպված ուսումնասիրելու նպատակով 1939 թ. Մատենադարանն էջմիածնից տեղափոխվեց Երևան և տեղավորվեց Ալ. Մյասնիկյանի անվան հանրային գրադարանի շենքում 1945-1957 թվականներին ճարտարապետ Մ. Գրիգորյանի նախագծով կառուցվեց Մատենադարանի ներկայիս վեհաշուք շենքը իր պատկառազդու գլխավոր ճակատով, որտեղ կանգնեցված են հայ միջնադարյան գրականության, արվեստի, գիտության մեծ գործիչներ Մովսես Խորենացու, Անանիա Շիրակացու, Ախիթար Գոշի, Թորոս Ռոսլինի, 13-րդ դարի բանաստեղծ Ֆրիկի, 14—15-րդ դարերում ապրած մեծ մտածող Գրիգոր Տաթևացու արձանները, իսկ քիչ ներքև՝ Մեսրոպ Մաշտոցի արձանը: 1959 թ. ձեռագրերը փոխադրվեցին իրենց նոր հանգրվանը, ուր կան նրանց պահպանության և ուսումնասիրության համար անհրաժեշտ բոլոր պայմանները՝ կայուն ջերմաստիճան ու խոնավություն, ձեռագրերի վերականգնման արհեստանոցներ, գիտական աշխատանքի համապատասխան աշխատասենյակներ ու դահլիճներ: Նույն թվականին Մատենադարանը դարձավ հին ձեռագրերի ինստիտուտ, իսկ 1962 թ. Մեսրոպ Մաշտոցի ծննդյան 1600-ամյակի առթիվ, կոչվեց նրա անունով: Մատենադարանում ծավալված գիտական աշխատանքների շնորհիվ մենք նորանոր տեղեկություններ ենք իմանում հայ ժողովրդի հին և միջնադարյան պատմության, մշակույթի, գիտության վերաբերյալ, ստանում գրական հուշարձանների նոր հրատարակություններ: Շարունակվում է նաև աշխարհով մեկ ցրված հայերեն ձեռագրերի հավաքումը: Ամեն տարի Մատենադարանի աշխատողները լինում են Սովետական Միության տարբեր վայրերում, մեկնում արտասահմանյան հայաշատ դարանի կենտրոններ, պրպտում, հայտնաբերում են նոր ձեռագրեր, բացատրական աշխատանք հում տանում դարերի արհավիրքներից փրկված և մեզ հասած գլխավոր հուշարձանները հոգատարությամբ պահպանելու և հայրենիքում կենտրոնացնելու նպատակով Տարեցտարի ավելացող ձեռագրերի ու փաստաթղթերի պահպանության համար Մատենադարանի շենքին հարող սարալանջի տակ կառուցվել են ստորգետնյա նոր գրապահոցներ: 1986 թ. հունվարի 1-ի տվյալներով, Մատենադարանում պահվող ձեռագրերի ընդհանուր թիվը 16 477 միավոր է, որից
