փրկվածներն ապաստանել են Սյունիքում։
1185-ին Վրաց Թամար թագուհին Սարգիս Մեծին շնորհել է հայ-վրաց․ զորքերի գերագույն հրամանատարի՝ ամիրսպասալարի պաշտոնը, ինչպես նաև Օրբելյանների նախկին այն տիրույթները, որոնք վրաց․ աղբյուրներում հիշատակվում են Սոմխեթ (Հայաստան) անվանումով։ Սարգիս Մեծի որդիներ Զաքարեն և Իվանեն գլխավորել են հայկ․ զորաբանակը, որի մարտիկների թիվը XIII դ․ սկզբին հասել է 40 հզ-ի։ Սարգիս Մեծի մահից (1187) հետո Զաքարեն կարգվել է ամիրսպասալար, իսկ Իվանեն՝ վրաց արքունի մեծ վեզիր։ Ամիր Քուրդ Արծրունին նշանակվել է Քարթլիի և Տփղիսի Էրիսթավների էրիսթավ, ինչպես նաև վրաց արքունի գանձապետ։ Վահրամ Զաքարյանի (Սարգիս Մեծի եղբայրը) ավագ որդի Զաքարեին շնորհվել է Գագ ամրոցը և մերձակա հողերը, իսկ կրտսեր որդի Սարգսին՝ Թմուկ (Թմոգվի) բերդը և շրջակա գավառը։ Հայ-վրաց․ սերտ համագործակցության արդյունքում ոչ միայն ամրապնդվել և հզորացել է վրաց Բագրատունիների թագավորությունը, այլև սելջուկյան նվաճողներից շուտով ազատագրվել են Հայաստանի հս․, հս-արլ․ և կենտր․ նահանգները։
1195-ին Ատրպատականի աթաբեկության զորքերը ներխուժել են Հայաստան, սակայն Շամքորի մոտ Զաքարյանները գլխովին ջախջախել են և հետ շպրտել թշնամուն։ Զարգացնելով հաջողությունը՝ 1196-1211-ին Զաքարյաններն ազատագրել են Ամբերդը, Անին, Բջնին, Դվինը, Կարսը, Մանազկերտը, Արճեշը, Բագրեվանդ գավառը, Տուրուբերան նահանգի մեծ մասը, Սյունիքը և Վասպուրականի հս-արլ․ որոշ գավառներ։
Ազատագրված հայկ․ հողերի կառավարումն անցել է Զաքարյաններին և նրանց վասալ հայ իշխաններին։ 1212-ին Զաքարյանների տիրույթները Հայաստանում ընդգրկել են Գուգարք, Այրարատ, Սյունիք նահանգները, Տուրուբերանի մեծ մասը, Արցախի, Ուտիքի արմ․ և Վասպուրականի հս-արլ․ գավառները։ Իրենց գերիշխանությունը հաստատելով Հայաստանի զգալի մասում՝ Զաքարյանները հռչակվել են հայ Բագրատունիների օրինական իրավահաջորդները և սեփականացրել են նրանց «շահնշահ» տիտղոսը։ Ազատագրված Հայաստանը Զաքարյանները տնօրինել են լիակատար իրավունքներով՝ որպես «սեփական ժառանգութիւն նախնեաց»։ Նրանց իշխանանիստ կենտրոնն էր Անի քաղաքը։ Ազատագրված Հայաստանում գոյատևող մյուս բոլոր իշխան․ տոհմերը դարձել են Զաքարյանների ավատառու վասալները։ Վաչուտյաններն իշխել են Արագածոտնի արլ․ մասում և Նիգ գավառում, Պահլավունիները՝ Մարմաշենում, Բագնայրում և Լմբատում, Օրբելյանները՝ Սյունիքում, Խաղբակյանները՝ Վայոց ձորի արլ․ մասում, Դոփյանները՝ Վերին Խաչենում, Սոդքում և Գեղարքունիքի հվ-արլ․ մասում, Հասան-Ջալալյանները՝ Ներքին Խաչենում, Համազասպյան-Մամիկոնյանները՝ Դսեղում, Արծրունիները՝ Մահկանաբերդում, Կյուրիկյանները՝ Մածնաբերդում, Սևադյանները՝ Ձորագետում ևն։
Զաքարյանների երեք խոշոր իշխանաճյուղերը թեև իրենց տիրույթների ներքին գործերը վարել են ինքնուրույն, սակայն երկրի ընդհանուր կառավարումն իրականացվել է միասնաբար՝ իշխանապետի և «շահնշահի» գլխավորությամբ։
XIII դ․ 1-ին կեսին՝ մոնղոլ-թաթար․ հորդաներն արշավել և գրավել են Հայաստանը, որը տրոհվել է նվաճողների նորաստեղծ վարչատարածքային բաժանումների՝ վիլայեթների միջև։ Հվ-արմ․ նահանգները ներառվել են Մեծ Հայքի վիլայեթի, իսկ Այրարատը, Սյունիքը, Խաչենը և Գուգարքը՝ Գյուրջիստանի վիլայեթի կազմում։ Զաքարյան իշխանաճյուղերը կառավարիչներ են ճանաչվել իրենց նախկին տիրույթներում, Օրբելյանները՝ Սյունիքում, Հասան-Ջալալյանները՝ Խաչենում ևն։ Մեծ Հայքի վիլայեթում հայկ․ իշխանությունները մեծամասամբ ոչնչացվեցին, իսկ մի քանի մանր իշխանություններ գոյատևեցին Վասպուրականում (Վան, Ռշտունիք), Աղձնիքում (Սասուն, Սավուր, Իսյան) և Մոկսում։
XI-XIV դդ․ Միջերկրական ծովի հս-արլ․ մերձափնյա երկրամասում՝ Կիլիկիայում կազմավորվել էր հայկական պետություն, որի մասին տես Կիլիկյան Հայաստան հոդվածում։
Հայաստանը XV-XVII դդ․։ Մոնղոլ-թաթարների տիրապետության անկումից (XIV դ․ կես) հետո Հայաստանում և հարևան երկրներում (Միջագետք, Իրան, Ատրպատական, Անդրկովկաս) հաստատվել են կարակոյունլու, ակկոյունլու և այլ թաթար-թուրքմեն․ վաչկատուն հորդաներ։ Նրանց հախուռն ներխուժումները Հայաստանում ընդմիջվել են Թեմուրի (Լենկթեմուր) արշավանքներով (1386-87, 1394-96, 1400-02), որոնք ուղեկցվել են քաղաքների ու գյուղերի ավերածություններով, բնակչության զանգվածային կոտորածներով և գերեվարումներով։ Թեմուրի մահից (1405) հետո վերսկսվել են թուրքմեն․ խաշնարած ցեղերի կռիվները․ դարձյալ ամայացել են բազմաթիվ հայկ․ բնակավայրեր, սաստկացել է հայ բնակչության արտագաղթը, ծայրահեղ անկման հասել երկրի հաս․, քաղ․, տնտ․ և մշակութ․ կյանքը։ Կարակոյունլուների առաջնորդ Ջհան շահը (1437-67) կատարել է վարչատարածքային բաժանումներ․ Հայաստանի հս-արլ․ հողերն ընդգրկվել են Երևանի, իսկ հվ-արմ-ները՝ Վանի կուսակալությունների մեջ։ Հայ բնակչության աջակցությունը շահելու նպատակով Ջհան շահը Հայաստանի որոշ նահանգներում (Արցախ, Սյունիք, Գուգարք ևն) գոյատևած հայ իշխանատների շառավիղներին շնորհել է մելիքական տիտղոսներ և տեղական կառավարման լիազորություններ, երաշխավորել բարձրաստիճան հոգևորականների արտոնություններն ու վանական կալվածքների անձեռնմխելիությունը, խրախուսել Ագուլիս, Ջուղա և այլ առևտրաարհեստավոր․ կենտրոնների գործունեությունը։ Ջհան շահի հովանավորությամբ,
