հաստատ բոյն էր դրել Արաքսի ափին, Նախիջևանի գաւառում։ Այդ բոյնի շուրջն էլ կազմակերպվեց հայ հոգևորականութեան դիմադրութիւնը: Սիւնիքի, Արարատի և Վասպուրականի մի քանի վանքեր միացան ազգային եկեղեցին պաշտպանելու համար։ Առաջ եկաւ վիճաբանական գրականութիւն։ Ժողովուրդը, ի հարկէ, գործ չունէր այդ գրականութեան հետ, որի մէջ տխուր ժամանակի ցաւերը չէին երևան գալիս, այլ աստուածաբանական երկար ու բարակ դատողութիւնները ուղղափառութեան մասին։ Գրիգոր Տաթևացին, Յովհան Որոտնեցին իրանց աշակերտներով և համախոհներով անուն հանեցին հէնց այդ վիճաբանութիւններով։ Նրանք կազմակերպեցին մի ուժեղ դիմադրութիւն, որ մեծ ազդեցութիւն արաւ և հայոց կաթողիկոսութեան վրա։
Կաթողիկոսութիւնը մնացել էր Կիլիկիայում։ Ռուբինեան թագաւորութեան անկումից յետոյ Կիլիկեան սկսեց դատարկվել հայերից, իսկ Սիսի կաթողիկոսարանը աւելի և աւելի ենթարկվում էր Հռօմի ազդեցութեան։ Միջնադարեան խոշոր երևոյթներից մէկն էլ այն էր, որ եկեղեցին սկսեց բարոյապէս ընկնել. հոգևորականութիւնը փչացած էր, ոչ միայն չէր ճանչում իր պարտականութիւները, այլ և իր ապականված վարք ու բարքով կոտրում էր քրիստոնէութեան անունը: Արևմուտքում համարեա անհաւատութեան էր հասել հոգևորականութիւնը. զզուելի կաշառքները, փողապաշտութիւնը, սրբավաճառութիւնը ապականել
