նախապատրաստությունը, որի ծրագրի իրականացումն սկսվել է ավելի վաղ. «Հայ եկեղեցու գանձերը» ցուցահանդեսը արտասահմ. երկրներում, գիտաժողովներ, գրքերի հրատարակում («Քրիստոնյա Հայաստան» հանրագիտարան և այլն), ուխտագնացություններ, Երևանում Սբ Գրիգոր Լուսավորիչ Մայր եկեղեցու կառուցումը և այլն։
1995-ի սեպտ-ին կաթողիկոսի օրհնությամբ բացվել է ԵՊՀ աստվածաբանության ֆակ-ը (հիմնադիր-դեկան՝ Շահե արք. Աճեմյան), իսկ 1996-ի ապրիլին՝ Հայաստանի աստվածաշնչային ընկերությունը։
Գարեգին Ա-ին հաջորդած Գարեգին Բ Ներսիսյանը գահակալման սկզբից (1999-ի հոկտ. 27) ձեռնամուխ է եղել Մայր աթոռի հոգևոր կրթարանների վերաաշխուժացմանը, հոգևորականության նոր սերնդի պատրաստմանը, եկեղեցիների ու վանքերի նորոգմանը, նորերի կառուցմանը։ Նրա նախաձեռնությամբ պետությունը, որպես սեփականություն, Մայր աթոռին է վերադարձրել (2001-ի հողիս) 150 վանք ու եկեղեցի, հողային տարածքներ և շենքեր։ 2000-ի օգոստ. 28-31-ը Հայոց կաթողիկոսը Նյու Յորքում մասնակցել է ՄԱԿ-ի կազմակերպած Կրոն․ առաջնորդների՝ հազարամյակի խաղաղության համաշխ. խորհրդաժողովին և ՄԱԿ-ի գլխավոր ասամբլեայում «Դեպի ներողամտություն և հաշտություն» թեմայի շրջանակներում զեկուցում կարդացել։ 2000-ի նոյեմբ. 11-ին Վատիկանում Էկումենիկ արարողության ընթացքում Հովհաննես Պողոս II պապը Վեհափառ հայրապետին է հանձնել համաքրիստ. տոնելի սբ Գրիգոր Լուսավորչի մասունքների մի մասը։ Գարեգին Բ-ն և Հռոմի պապն ստորագրել են համատեղ հայտարարություն, որով Թուրքիայում իրականացված հայերի կոտորածները բնորոշվել են որպես ցեղասպանություն։ Նորին սրբությունը հանդիպել է նաև այլ կրոնների ներկայացուցիչների ու կրոնապետների՝ Եգիպտոսի Հանրապետության մուֆթիի, Կովկասի մահմեդ. հոգևոր պետի և այլոց հետ։ 1700-ամյակի տոնակատարության սկիզբը կաթողիկոսն ազդարարել է 2000-ի դեկտ. 31-ի տարեմուտի գիշերը Սբ Էջմիածնում՝ «Լուսավորչի կանթեղը՝ ուղեցույց առ Աստված» նշանաբանով՝ Գրիգոր Ա Լուսավորչի կանթեղի լույսից տարածված մոմավառությամբ։ Հոբելյանի առթիվ Մայր աթոռի տարածքում կառուցվել են (2001) Բաց խորանը և Սբ Էջմիածնի նոր գլխավոր մուտքը, որը կրում է սբ Գրիգոր Լուսավորչի անունը։
2000-ի մարտին ՀՀ Կառավարությունը և Ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը ստորագրել են «Մտադրությունների հուշագիր», որի շրջանակներում Մայր աթոռն ու ՀՀ ՊՆ-ն ստորագրել են ՀՀ ԶՈՒ-ում Հայաստանյայց առաքել․ եկեղեցու հոգևոր ծառայության կանոնադրությունը, որով կանոնակարգվել է հայոց բանակում հոգևոր ծառայության գործունեությունը։ 2002-ին Գարեգին Բ-ի և ՀՀ վարչապետ Անդրանիկ Մարգարյանի կնքած համաձայնագրով՝ 2003-2004 ուսումնական տարվանից հանրակրթական դպրոցների ծրագրում՝ որպես պարտադիր առարկա, ընդգրկվել է «Հայոց եկեղեցու պատմությունը»։
Ամենայն հայոց կաթողիկոսության «ի հոգևորս» ենթակայության ներքո են Հայ եկեղեցու 3 մասնավոր նվիրապետ․ աթոռները՝ Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսությունը, Երուսաղեմի և Կ. Պոլսի հայոց պատրիարքությունները։ Հայաստանում և Սփյուռքում Հայոց կաթողիկոսության հոգևոր-վարչական իրավասությանը ենթակա են շուրջ 40 առաջնորդություն (թեմեր, հայրապետական պատվիրակություններ, հովվություններ, շրջաններ), 5 վանահայրություն (Սբ Հռիփսիմեի, Սբ Գայանեի, Սբ Շողակաթի, Սբ Գեղարդի, Խոր վիրապի)։ Ամենայն հայոց կաթողիկոսությունն ունի Հայ եկեղեցու ներկայացուցիչներ Մոսկվայի և Համայն Ռուսիո պատրիարքությունում, Քենթրբերիի և Համայն Անգլիո արքեպիսկոպոսությունում։ Կաթողիկոսությանը ենթակա են Մայր աթոռ Սբ Էջմիածնի միաբանությունը, հոգևոր ճեմարանը, «Էջմիածին» ամսագրի խմբագրությունը, Մայր տաճարի պաշտոնեությունը (Մայր տաճարի լուսարարապետ, ավագ լուսարար, Մայր տաճարի Մկրտարանի տեսուչ, Մկրտարանի ծիսակատար քահանաներ, խոստովանահայրեր, Դպրաց դաս, քառաձայն երգչախումբ), Ալեք և Մարի Մանուկյան գանձատունը։ Հայոց կաթողիկոսությունն ունի դիվանատուն, Միջեկեղեց. հարաբերությունների բաժին, Քրիստ. դաստիարակության և քարոզչության կենտրոն, Տնտեսաֆինանսական վերստուգիչ մարմին։
