Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսությունը (կոչվում է նաև Կաթողիկոսություն Փոքր Հայոց, Սսի կաթողիկոսություն, Անթիլիասի կաթողիկոսություն և այլ անուններով) Հայաստանյայց առաքել․ սբ եկեղեցու մասնավոր նվիրապետ․ աթոռներից է, ճանաչում է Մայր աթոռ Սբ Էջմիածնի գահերեցությունը և նախամեծարությունը։ Հիմնադրվել է 1446-ին Կիլիկիայի Սիս քաղաքում՝ Հայոց կաթողիկոսության նախկին նստավայրում՝ 1441-ի Սբ Էջմիածնի ազգ-եկեղեց. ժողովի որոշմամբ հայրապետական աթոռը Սբ Էջմիածնում վերահաստատվելուց հետո։ Առաջին կաթողիկոսը Կարապետ Ա Եվդոկացին է (1446-77)։ Կաթողիկոսանիստը Անթիլիասի (Լիբանան) Սբ Գրիգոր Լուսավորիչ Մայր տաճարն է (կառուցվել է 1941-ին)։
XVI դ-ի սկզբից, երբ թուրքերը գրավել և օսմանյան. կայսրության նահանգի են վերածել Կիլիկիան, սկսվել է կաթողիկոսության ամենածանր ու դժվար շրջանը։ Մինչև XIX դ-ի կեսը Կիլիկիան շարունակաբար ենթարկվել է թուրքերի, ինչպես նաև այլ ցեղերի ասպատակություններին։ Հաճախ գրավել և ավերել են նաև Սիսը, կողոպտել կաթողիկոսարանը։ Աթոռակալներից շատերը (սկսած Հովհաննես Բ Թլկուրանցուց, 1489-1525) ստիպված երկրորդ աթոռանիստ են դարձրել Հալեպը, Ադանան, երբեմն էլ մնացել են թափառական, աքսորվել կամ սպանվել։ Հատկապես XVI-XVII դդ-ում Ամենայն հայոց և Սսի կաթողիկոսությունների միջև սկսվել են վեճեր՝ կաթողիկոս. իրավասությունների սահմանների և եպիսկոպոս․ ձեռնադրությունների վերաբերյալ, որոնք սրվել են Ամենայն հայոց կաթողիկոս Փիլիպոս Ա Աղբակեցու (1632-55) և Սսի կաթողիկոս Սիմեոն Բ Սեբաստացու (1633-48) օրոք։ Ներսես Ա Սեբաստացու ժամանակ փոխըմբռնման և համագործակցության մթնոլորտ է ստեղծվել Մայր աթոռի և Կիլիկիո կաթողիկոսության միջև 1651-ի Երուսաղեմի եկեղեց. ժողովում։
XVI-XVII դդ-ում մահմեդ. ցեղերի ճնշումներից պաշտպանվելու նպատակով Կիլիկիո կաթողիկոսներից ոմանք, Հռոմի կաթոլիկ եկեղեցուն ծիսարարող. որոշ զիջումներ անելու խոստումով, փորձել են շահել Հռոմի պապերի հովանավորությունն ու աջակցությունը։ Կիլիկիո կաթողիկոսությունը և աթոռանիստ Սիսը դարձել են սսականության կենտրոն (Կ. Պոլսի հայոց պատրիարքության հետ), որը պայքարում էր էջմիածնականության դեմ։ Սսականության ղեկավարներ՝ Սսի կաթողիկոս Խաչատուր Գ Գաղատացին (1657-74) և Եղիազար Այնթապցին որոշակի դեր են խաղացել հասարակական բախումներ և խռովություններ հրահրելու, արևմտահայ թեմերը Սբ Էջմիածնի Հայոց կաթողիկոսությանը հակադրելու համար։ Պայքարը մեղմացել է 1680-ական թթ-ին, երբ էջմիածնականները պառակտմանը վերջ տալու նպատակով Ամենայն հայոց կաթողիկոս են ընտրել սսականության առաջնորդ Եղիազար Ա Այնթապցուն (1681-91)։ Այդուհանդերձ, Կիլիկիո կաթողիկոսությունն այդ շրջանում ևս շարունակել է իր հոգևոր ազգային ծառայությունը մատուցել ժողովրդին, կարողացել է պահպանել հայոց ավանդույթները և նպաստել Հայ առաքել․ եկեղեցու ինքնուրույնությանն ու անկախությանը։ Հատկապես աչքի են ընկել Աջապահյանները (ժառանգ. պահապաններ Սրբազան Աջերի, այստեղից էլ՝ տոհմի անունը)՝ իրենց հակալատին դիրքորոշմամբ։ 1733-1865-ին շարունակաբար տիրելով Կիլիկիո կաթողիկոսության աթոռին՝ նրանք վերջ են դրել աթոռակալ․ կռիվներին։
