1240-ից բարձրացել է Գանձասարի եպիսկոպոսության հեղինակությունն ու դերը, որտեղ ժառանգաբար գահակալել են Հասան-Ջալալյանները (իշխանական տոհմ Արցախ-Խաչենում)։ XIV դարից կաթողիկոսությունը տեղափոխվել է Գանձասարի վանք, սկսել է ավելի հաճախակի կոչվել ուղղակի Գանձասարի կաթողիկոսություն՝ ի հոգևորս ենթարկվելով Ս․ Էջմիածնի Հայոց կաթողիկոսությանը։ XVII դ․ կեսից Խաչենի Երից Մանկանց վանքում ստեղծվել է հակաթոռ կաթողիկոսություն, ինչը երկփեղկել է Ա․ կ․ մինչև XIX դ․։
Ա․ կ․ (Գանձասարի) տնօրինել է բուն Աղվանքի (Կապաղակ, Շաքի, Բաղախատ), Աղվանից մարզպանության հս․ հատվածի (Չող, Ցիր) և Մեծ Հայքի «Արևելից Կողմանց» (Պարտավ, Ամարաս, Ուտիք, Գարդման, Հաշու, Մեծկըվենք, Գանձասար, Բաղասական) թեմերը։ Քաղ․ հանգամանքների բերումով թեմերի թիվը մշտապես փոփոխվել է՝ մե՛րթ ավելացել, մե՛րթ նվազել։ Տարբեր ժամանակներում Ա․ կ-յանն են ենթարկվել նաև Հաբանդի, Շամախու, Շիրվանի, Բաքվի, Դերբենդի և այլ եպիսկոպոս․ թեմեր։
Ա․ կ․ հոգևոր բնագավառից բացի գործուն մասնակցություն է ունեցել հաս․, քաղ․, տնտ․ ու մշակութ․ կյանքին։ Գումարել է համընդհանուր եկեղեց․ ժողովներ, որտեղ մշակել է հաս․ հարաբերությունները կարգավորող որոշումներ, ճշտել քաղ․ դիրքորոշման հարցեր, սահմանել եկեղեց․ կանոններ։ Ա․ կ․ անվանումը դարձել է սոսկ վերացական հասկացություն։ Գանձասարի կաթողիկոսությունը, հատկապես Հասան-Ջալալյանների հայրապետությամբ, եղել է Արցախում հաստատված մահմեդ․ խաների բռնակալության դեմ մելիքների ընդդիմության, XVIII դ․ 1-ին քառորդի հայ ազգ-ազատագր․ շարժման կազմակերպիչը, ոգեշնչողն ու հոգևոր, քաղ․ կենտրոնը։ Այն վերածվել է ռուս․ կողմնորոշման ուղեցույցի և ռուս․ արքունիքում թուրք-պարսկ․ լծից ազատագրվելու հայոց իղձերի թարգմանի։ 1815-ին ցար․ կառավարությունը Ամենայն հայոց կաթողիկոսության միջնորդությամբ լուծարել է Ա․ կ․՝ փոխարենը հաստատելով մետրոպոլիտություն։ Նախկին Ա․ կ-յանը ենթակա նահանգներում կազմվել են նվիրապետական տեսակետից Էջմիածնի կաթողիկոսությանը ենթակա երկու առաջնորդական թեմեր և մեկ հաջորդական վիճակ։ Այդ իրադրությունը վերջնականապես ամրապնդվել է «Պոլոժենիե»-ում (1836)։ Առաջին առաջնորդական թեմի (Շուշիի կամ Արցախի) մեջ մտել են Դիզակ, Վարանդա, Բերդաձոր, Խաչեն, Ջրաբերդ, Գյուլիստան, Շաքի, Կապաղակ, Հաջի, Խենի, Կամբեճան, Արաշ (Արեշ), Լենքորան (Լանքարան) գավառները։
Երկրորդ առաջնորդական թեմը (Շամախի կենտրոնով) ընդգրկել է Դերբենդի (Դարբանդ), Ղուբայի, Շամախու, Բաքվի, Սալյանի և հարևան գավառների հայկ․ եկեղեցիներն ու վանքերը։
Հաջորդական վիճակի կենտրոնն էր Գանձակ (Ելիզավետպոլ) քաղաքը, որին ենթարկվել են Գարդման, Փառիսոս, Զավե գավառները։ Հաջորդական վիճակն անմիջապես ենթակա էր Թիֆլիսի կոնսիստորիային։ Ա․ կ-յան վերջին՝ Սարգիս Բ կաթողիկոսը մինչև իր վախճանը (1828) եղել է մետրոպոլիտ։
Աղվանից կաթողիկոսների անվանացանկ
Աբաս (551-595), Վիրո (595-629), Զաքարիա Բ (629-644), Հովհան Բ (644-671), Ուխտանես (671-683), Եղիազար (683-689), Ներսես Ա (689-706), Սիմեոն Ա (706-707), Միքայել (707-744), Անաստաս (744-748), Հովսեփ Ա (748-765), Դավիթ Բ (765-769), Դավիթ Գ (769-778), Մատթե Բ (778-779), Մովսես Բ (779-781), Ահարոն (781-784), Սողոմոն Ա (784), Թեոդորոս (784-788), Սողոմոն Բ (788-799), Հովհաննես Գ (799-824), Մովսես Գ (824), Դավիթ Դ (824-852), Հովսեփ Բ (852-877), Սամուել (877-894), Հունան (Հովնան, 894-902), Սիմեոն Բ (902-923), Դավիթ Ե (923-929), Սահակ Բ (929-947), Գագիկ Ա (947-958), Դավիթ Զ (958-965), Դավիթ Է (965-971), Պետրոս Ա (971-987), Մովսես Դ (987-993), Մարկոս Ա, Հովսեփ Գ, Մարկոս Բ, Ստեփանոս Ա (հաջորդաբար՝ 993-1079), Հովհաննես Ե (1079-1129), Ստեփանոս Բ (1129-1131), Գագիկ Բ (Գրիգորիս, 1139), Բեժգեն (1140), Ներսես Բ (1149-1155), Ստեփանոս Գ (1155-1195), Հովհաննես Զ (1195-1235), Ներսես Գ (1235-1262), Ստեփանոս Դ (1262-1323), Սուքիաս, Պետրոս Բ (հաջորդաբար՝ 1323-1331), Զաքարիա (1331), Դավիթ Ը (հիշատակվում է միայն ցանկերում), Կարապետ (1402-1420), Հովհաննես Զ (1426-1428), Մատթեոս Գ (1434), Աթանաս (ըստ ցանկերի, գահակալել է 1 տարի), Գրիգոր Բ (ըստ ցանկերի), Հովհաննես Է, որդի Ջալալի (1441-1470), Ազարիա (ըստ ցանկերի), Մատթեոս (1488), Արիստակես (ըստ ցանկերի), Թումա Սոկյութլվեցի (1471), Ստեփանոս (1476), Ներսես Դ (1478), Շմավոն Ա (1481), Առաքել Սոկյութլվեցի (1481-1497), Արիստակես Բ (1515-1516), Սարգիս Ա Ղշլաղեցի (1554), Գրիգոր, որդի Մեյրամբեկի (1559-1574), Պետրոս Գ
