վերահաստատված աթոռի առաջին գահակալ է ընտրվել Կիրակոս Ա Վիրապեցին (1441-43)։
Հաջորդ 2 դարերում, թուրքմ. ցեղերի ասպատակությունների, Թուրքիայի և Պարսկաստանի տիրապետության պայմաններում, Հայոց կաթողիկոսությունը ծանր կացության մեջ է ընկել և միայն XVII դ-ից է մտել տնտեսական, նյութ., կրոն., մշակութային համեմատաբար բնականոն հունի մեջ։ Սբ Մովսես Գ Տաթևացի, Փիլիպոս Ա Աղբակեցի, Հակոբ Դ Ջուղայեցի կաթողիկոսների ջանքերով կաթողիկոսությունն զգալի առաջընթաց է ապրել, վերականգնվել են Մայր աթոռի տնտեսությունը, վանական-միաբան. կյանքը, հիմք է ստեղծվել ազգ-եկեղեց., մշակութային ու կրթական արդյունավետ գործունեության համար։ Հիմնվել են մի շարք դպրոցներ և վարդապետարաններ Սյունիքում, Վաղարշապատում, Վանա լճի Աղթամար, Լիմ և Կտուց կղզիներում, Բաղեշի Ամրդոլու վանքում, Նոր Ջուղայում և այլուր։
XVII-XIX դդ-ում Հայոց հայրապետությունը դարձել է հայ ազատագր. շարժումների ղեկավար մարմինը։ Նրա հովանավորությամբ մշակվել ու զարգացել են հայ-եվրոպ. և հայ-ռուսական հարաբերությունները։ XIX դ-ի վերջին-XX դ-ի սկզբին կաթողիկոսությունն օժանդակել և նպաստել է Արևմտյան Հայաստանի ֆիդայական և ազգ-ազատագր. շարժումներին, Հայկական հարցի լուծման քաղաքական ձեռնարկումներին։ Մեծ եղեռնի (1915-23) և հետագա տարիներին օգնել է բազմահազար աղետյալների ու գաղթականների, միևնույն ժամանակ մեծ գործունեություն ծավալել աշխարհասփյուռ հայության ազգապահպանմանը և հայեցի դաստիարակությանը։ Սարդարապատի հերոսամարտի օրերին (1918-ի մայիս), չնայած զինվորական ղեկավարության պահանջին, Ամենայն հայոց կաթողիկոսությունը և Գևորգ Ե Սուրենյանց հայրապետը չեն տեղափոխվել ապահով վայր, իսկ Մայր աթոռի միաբաններն իրենց անմիջական մասնակցությամբ հայ մարտիկներին քաջալերել են ռազմաճակատի առաջին գծում։
1920-ի դեկտ-ին Հայաստանի խորհրդայնացումով չափազանց ծանր պայմաններ են ստեղծվել Ամենայն հայոց կաթողիկոսության համար։ Ստալինյան հակաեկեղեց. հալածանքների շրջանում Մայր աթոռն ամփոփվել է միայն Սբ Էջմիածնի վանքի պատերի մեջ, կտրվել է կապը Հայոց եկեղեցու թեմերից, նվիրապետ․ աթոռներից և հավատացյալներից։ Իշխանությունը հաշվեհարդար է տեսել հոգևորականների հետ, փակել, ավերել հարյուրավոր եկեղեցիներ, խլել եկեղեց. կալվածքներն ու ունեցվածքի մեծ մասը։ Մայր աթոռը անշքացել է, Սբ Էջմիածնի միաբան․ կյանքը՝ դադարել, և Հայոց կաթողիկոսության վրա կախվել է վերանալու սպառնալիքը։ 1938-ի ապրիլի 5-ի՝ լույս 6-ի գիշերը հատուկ ծառայության գործակալները Վեհարանում սպանել են Խորեն Ա Մուրադբեկյանին, և մինչև 1945-ը կաթողիկոս․ գահը մնացել է թափուր։
Դրությունը փոքր-ինչ բարելավվել է Երկրորդ համաշխ. պատերազմից (1939-1945) հետո։ Պատերազմի ժամանակ Հայոց կաթողիկոսությունն իր սուղ միջոցներից, ինչպես նաև սփյուռքահայության օժանդակությամբ օգնել է խորհրդային բանակին։ Փոխվել է վարչակարգի վերաբերմունքը կաթողիկոսության և Հայ եկեղեցու նկատմամբ, սկսվել է իրավունքների մասնակի վերականգնումը։ Սակայն կաթողիկոսությունը շարունակել է մնալ սոսկ հանդուրժվածի վիճակում։ Հայոց հայրապետության վերազարթոնքն սկսվել է Գևորգ Զ Չորեքչյան (1945-54) կաթողիկոսի օրոք, իսկ ավելի նպաստավոր պայմաններում շարունակվել Վազգեն Ա Պալճյանի (1955-94) երկարատև աթոռակալության շրջանում, երբ զարգացել են միջեկեղեց. հարաբերությունները, խորացել արտասահմ. թեմերի հետ կապերը, վերաբացվել կամ վերանորոգվել են հարյուրավոր վանքեր ու եկեղեցիներ։ Վազգեն Ա-ն օրհնել է հայկական անկախ պետականության ծնունդը (1991-ի սեպտ. 21), որով կաթողիկոսության առջև բացվել են գործունեության նոր և ավելի լայն հնարավորություններ։ Նա առաջինն է արժանացել Հայաստանի Ազգային հերոսի կոչման (1994)։
